El tema no es difícil. Tendrás un par de pasos que hacer:
Ignorar el .DS_Store en el .gitignore
Para ignorar los archivos .DS_Store en cualquier carpeta de un proyecto git, debes agregar una regla en el archivo .gitignore, que imagino que no tenías o bien habías creado mal...
Tienes que editar el archivo .gitignore qhe hay en la raíz de tu proyecto gestionado por git (Si el archivo .gitignore no existía, créalo con tu editor preferido).
Luego debes agregar esta regla para ignorar .DS_Store:
**/.DS_Store
Los dos **/ sirven para decirle a git que ignore .DS_Store, sin importar en qué carpeta se encuentre dentro del proyecto.
Ahora haces el commit del cambio en tu repositorio Puedes usar la herramienta que tengas habitualmente, pero si lo haces directo con el terminal son los siguientes comandos:
git add .gitignore
git commit -m "Agrega .DS_Store a .gitignore para ignorarlo"
Borrar los archivos .DS_Store que tuvieras ya creados de antes
Es verdad que si solamente ignoras el .DS_Store los archivos permanecerán en el repo y eso molesta a veces. Pero los puedes borrar con git rm. Simplemente lanzas el siguiente comando, desde la raíz de tu repositorio.
git rm --cached -r .DS_Store
Luego haces el commit de nuevo para que los archivos eliminados se tengan en cuenta por git. Es solamente eso... la verdad es que es un incordio cuando te das cuenta que se están comiteando archivos que no deberían, pero arreglarlo es bastante fácil.