Me estás describiendo el problema típico de los frames. Aparte de el que comentas, hay muchas otras
desventajas de utilizarlos.
Por ello, a pesar de las ventajas que comentas que tienen los frames (no tener que descargar el sitio entero), ninguna página medianamente seria los utiliza intensivamente como tú dices hacer.
Así pues, la solución de todos tus problemas es no utilizarlos. Es una pena, pues tendrás que rehacer casi todo tu sitio web, pero te recomiendo que no los utilices.
No te doy otra solución porque, aunque exista algún Javascript pueda solucionar parcialmente algunos de los inconvenientes de los frames, sólo serían parches y no las soluciones reales a tus problemas.
Saludos