Para incluir un archivo con código Javascript tienes que utilizar también la etiqueta <SCRIPT>. Indicando la ruta donde está el archivo con el código.
<script src=”URL-de-tu-script” language=”Javascript”></script>
Fíjate de cerrar la etiqueta script con el </SCRIPT>
Si quieres que ese archivo se llame desde todas las páginas de tu sitio tendrías que hacer algo como ponerlo en la plantilla. ¿Tu sitio tiene plantilla? Entonces mi recomendación sería colocar el script en la cabecera de la página.
Si no tienes un sistema gestor de plantilla o algo parecido y todas las páginas están sueltas, tendrías que editar página a página para incluir el archivo Javascript en cada una por separado.
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