En realidad es simple, solo tienes que crear un id_empresa y en el formulario principal crear una lista desplegable con las
empresas y nombre de usuario y contraseña. La sesion la puedes manejar
con variables de sesion de php
(http://www.php.net/manual/es/intro.session.php), con cookies o con
algun metodo de persistencia. Por ejemplo nosotros manejamos asi las
dependencias de gobierno, y el gobierno tiene muchos empleados incluso
con nombres iguales.