Existen muchos gestores de proyectos que están listados y comentados en el artículo:
http://www.desarrolloweb.com/articulos/que-son-gestores-proyectos.html
Pero realmente solo te puedo recomendar lo que ya hemos utilizado nosotros.
Al principio trabajamos con Ace Proyect, que está realmente completo. Te lo recomiendo si quieres hacer un control estricto de los proyectos, la línea y tiempo de desarrollo y saber en qué estás gastando más tiempo, tú y los otros desarrolladores.
http://www.aceproject.com/
Ahora trabajamos con Teambox, que sinceramente no tiene ni la mitad de las cosas que Ace Project, pero nos va bien. Realmente Teambox es más un gestor de tareas que un gestor de proyectos avanzado. Pero sinceramente, en nuestra empresa no necesitamos más.
http://teambox.com/
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