La pregunta que nos haces es muy básica y seguro que a lo largo de nuestro manual de PHP hemos tratado varias veces ese código para sacar una fecha del día de hoy.
En PHP puedes sacar una fecha con el formato que más gustes con la función date(). La función date() recibe dos parámetros, el primero es un string con el formato que deseas y el segundo es el timestam de la fecha que quieres formatear. Si no indicas el segundo parámetro simplemente te cogerá la fecha actual, que es lo que tú quieres.
Pues bien, el código para que date() te devuelva la fecha de hoy en formato MySQL es el siguiente:
$fecha_actual = date("Y-m-d");
La fecha que te va a salir será algo como esto: 2008-10-28