duda con mi pagina web

Buenas Tardes:
Antes que nada un saludo a toda esta gran comunidad que en tantas ocasiones me ha servido de apoyo en desarrollos que he hecho y me han sacado de tantos apuros, es la primera vez que realizo una pregunta y espero ser claro, bueno vamos al punto:
Tengo una aplicacion con struts 1.2 con la cual accedo a una base de datos con tablas de aprox. 50 billones de registros, la cuestion es que uno de mis querys se llega a tardar desde 10 min. hasta 14 hrs., cuando se tarda mas de una hora, el navegador me direcciona a una pagina donde dice que esta no puede ser desplegada, la cosa es que ya le meti tiempo a la sesion en el web.xml, le puse un script con javascript para que este trabajando el cliente mientras este recibe la respuesta del servidor, le coloque cookies y nada, no termina de funcionar, la aplicacion dentro del servidor sigue con el flujo normal(esto ya lo verfique con los logs) pero la cosa es que como ya me direcciono previamente a la pagina que dice que no esta disponible, no me manda a la pagina que si me direcciona cuando no se tarda mas de una hora, alguien tendra una idea de por que sea esto o como se pueda solucionar.
espero me puedan ayudar, saludos