POP e IMAP son los dos protocolos de recepción de correo electrónico más utilizados, que soportan la mayoría de los servidores de correo electrónico y programas clientes como Outlook Express o Mozilla Thunderbird. También podemos referirnos a ellos con sus números de versión POP3 e IMAP4.
Existen varias diferencias, pero digamos que IMAP es más novedoso y permite más funcionalidades.
Para mi, la diferencia fundamental es que, cuando nos conectamos por POP, se descargan todos los mensajes al ordenador cliente y con IMAP no se descargan todos mensajes sino sólo los que el cliente solicite. Además, lo normal cuando se accede a un correo con POP es que los mensajes se borren del servidor según se descargan, mientras que por IMAP al visualizar un mensaje no se borra del servidor, a no ser que se elimine explícitamente.
Otras diferencias es que con POP sólo se puede conectar un usuario para descargar el correo electrónico y con IMAP se pueden conectar más de un usuario a la misma cuenta.
En cuanto a lo más recomendable, si POP o IMAP, eso depende del uso que des a tu correo y el modo de conexión.
Con POP puedes descargar todos los mensajes en tu ordenador en un pequeño espacio de tiempo y luego puedes verlos aunque no esté conectado a Internet. Con POP puedes escribir todas las respuestas sin estar conectado y luego volver a conectarte a Internet un momento para enviar las respuestas.
Con IMAP tienes que estar conectado a Internet todo el tiempo que leas tu correo y contestes los mensajes. Si pierdes la conexión a Internet no podrás acceder a tu correo recibido, porque está almacenado en el servidor de correo y no en tu ordenador.
La parte buena de IMAP es que varias personas pueden estar conectadas a una misma cuenta a la vez. Además, si cambias de ordenador en cualquier momento, podrás acceder a tus mensajes igualmente, porque por IMAP todos los mensajes están disponibles desde cualquier ordenador conectado a Internet.
Por lo tanto, con POP si descargas los mensajes, se guardarán en tu ordenador y tendrás que tener tu ordenador para leer el correo antiguo. Si los miras por IMAP seguirán almacenándose en el servidor hasta que los borres. Por eso IMAP puede ser una buena idea si cambias de ordenador habitualmente.
Puedes encontrar más información de estos protocolos en:
http://es.wikipedia.org/wiki/Internet_Message_Access_Protocol
http://es.wikipedia.org/wiki/Post_Office_Protocol