Pues supongo que depende del tipo de anuncio tendrás que utilizar un producto u otro. Para banners en entorno web entonces, te recomendaría Image Ready, de Adobe, que viene con Photoshop.
Image Ready permite hacer banners animados y con Photoshop puedes componer cualquier imagen para utilizar en los banner.
Ahora también se está usando mucho Flash para hacer banners publicitarios y la verdad es que dan bastante buen resultado.
Para lo que respecta al retoque fotográfico, te recomiendo nuevamente Photoshop, aunque hay muchos otros programas interesantes que te pueden servir.
Varios artículos con consejos y tutoriales para crear banners:
El primer banner
El banner perfecto
Gifs animados
Gif animado con Photoshop
Gif animado con Photoshop 2
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