La respuesta es tan fácil que no se si he entendido bien tu pregunta, o tal vez desconozcas la creación de enlaces con HTML…
Pues simplemente tendrías que colocar el atributo target="_blank" sólo a los links externos.
<a href=”http://www.otrodominio.com” target=”_blank”>enlace externo</a>
Es bien fácil… tienes más información sobre la creación de enlaces en el
manual de HTML.