Lo mejor es lo que dices: hacer que un sitio apunte al otro. Esto debido a que si no lo hacen Google [y algun otro buscador] penalizarán uno de los sitios por ser "duplicados" o incluso los dos.
En un sitio yo hice algo así, en www.imariquique.cl si entras por el .com se envia al .cl. Esto lo puedes lograr en PHP usando variables de servidor.
Creo q especificamente deberias poner un if para ver si la variable de servidor $_SERVER["hostname"] es igual al dominio secundario y en caso de serlo hacer que redireccione [con header(location: http://www.dominio1.com] al dominio primario.
Además tienes que fijarte que el redireccionamiento sea de tipo "permanente" ya que de esta forma el puntaje del sitio secundario se pasará al primario. (Esto es un tanto complicado, pero en resumen para Google el sitio secundario no existe, sino que todo link se anota al primario y a su vez cuando se solicita cualquier información del secundario se toma del primario)
Te aconsejo que veas estos articulos que escribí en mi Wiki sobre el tema de las redirecciones permanentes [aparece el codigo además]:
http://www.estilox.com/wiki/index.php?title=Redireccion_permanente
El otro tema importante es que para efectos de "Imagen" el segundo dominio no existe... por ejemplo en la papeleria, logotipos, firmas de correo y toda mención al sitio debe salir solo el dominio oficial (Yo digo que debiera ser el .cl) y no ambos como he visto en algunos sitios.