La diferencia está en q si tomas la variable directamente, y el servidor, no tiene activado el register_globals, no te funcionará. por el contrario, si usas los arrays, te funcionará tanto con register_globals activado o no, por tanto es más recomendable lo segundo si piensas hacerlo en varios servidores.
También es más seguro usar los arrays, ya que te aseguras de q los datos vienen por el método que tú querías.
Eduardo Martínez