¿Cuál es la diferencia entre Java y Javascript?

Principalmente que Java es un lenguaje pensado para realizar cualquier tipo de programación en cualquier ámbito, desde la programación de aplicaciones hasta páginas de servidor, sistemas distribuidos, etc. Mientras que Javascript sirve tan sólo para crear scripts que se ejecuten en el navegador del usuario cuando visita páginas web.

Esta diferencia es tan importante que podemos decir que los dos lenguajes tienen poco o nada que ver. Más información en Artículo del manual de Javascript sobre diferencias con Java.