Preguntar como hacer una aplicacion en php utilizando Mysql

Ya lei los manuales publicados en PHP, ya lei los manuales en mysql y lo que he aprendido es mucho en insertar y realizar busquedas, asi como borrar y subir archivos utilizando php y mysql, ahora lo que yo quisiera hacer es una aplicacion web asi como la que ustedes en desarrollo web han creado donde ustedes le dan un orden a toda aplicacion que hacen, autentificar un usuario para que puedan usar la aplicacion, asi como tambien saber como es que le dan un orden a cada informacion que muestran, se que talvez es mucho lo que pido pero realmente quiero aprender hacer ese tipo de aplicaciones.