Ejecutar exe desde programa web en intranet

Hola!
Llevo ya varios días buscando información al respecto, y no consigo resolver mi problema.....

Lo primero, deciros que no soy técnica, con lo cual mi explicación puede ser hasta rídicula, lo siento...

Estoy instalando un programa en entorno web que se ejecuta en la intranet de la empresa. Quería vincular en este programa los hipervínculos a los ejecutables de sus programas específicos, que se encuentran instalados en el servidor, de tal manera que el acceso fuera atraves del portal de nuestro software.

Los portales de nuestro software los hago con Frontpage y luego copio el código HTML, pero no consigo ejecutar el exe ni siquiera desde FrontPage.

He mirado el tema de la seguridad, y he modificado la seguridad en la intranet local, para que se puedan descargar archivos y más cosas...., pero sigue sin funcionar.

Entiendo que lo que quiero hacer no es una locura ( o si ¿?), porque hay webs que también ejecutan programas, desde conversores de moneda hasta el programa de teamviewer, y respecto a la seguridad, esto solo ejcutaría programas internos...

¿Me podéis ayudar?

Muchas Gracias por anticipado!