DOCTYPE HTML

Hola!!! Llevo una semana más o menos diseñando webs y hasta ahora me ha ido bastante bien con vuestra ayuda. He creado mi primera web utilizando CSS con 3 capas y perfecto. Tengo una cabecera para introducir un logo por ejemplo, luego un menú desplegable que he conseguido en PureCssMenu, seguidamente las 3 capas y por ultimo el píe de página.
Pero me encuentro con un problemilla dependiendo del DOCTYPE que ponga.
Si pongo el DOCTYPE que me venía con PureCssMenu (DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd") el menú desplegable me funciona pefectamente pero no me funcionan las funciones margin y padding y no sé si alguna otra mas.
Si por el contrario pongo DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
si me funcionan margin y padding pero no se despliega el menú de PureCssMenu.
¿Me pueden ayudar?
Gracias