Otra opción es que al momento de crear tus usuarios le asignas la empresa (id_empresa) al que pertenece, de esa forma sabes a que empresa se dirige el usuario al momento de autenticarse en el sistema.
13/1/09
Por: Alejandro
no soy un experto pero puedes usar la URL para contener variables de php... eso en general puedes manejar varias URL o paginas para cada empresa con una variable que identifique el URL... busca el tema recuerdo haberlo visto en desarrollo web....